Zusatzinformationen, die es in sich haben: Thema "Verunreinigungen der Proben"....... und Einlieferer der Proben.

Olivia, Sonntag, 14.08.2022, 13:34 (vor 833 Tagen) @ Ikonoklast4158 Views
bearbeitet von Olivia, Sonntag, 14.08.2022, 14:18

Wissenschaftliche Arbeit kann man am ehesten noch gleichsetzen mit akribischer Detektivarbeit. Das dauert in der Regel auch, bis man den "Bösewicht" gefaßt hat.

Hier nun am Beispiel kann man sehr gut sehen, wie wichtig es ist, dass ALLE Informtionen, die im Zusammenhang mit der Untersuchung stehen, auch berichtet werden. Besonders im vorliegenden Fall könnte in den Zusatzinformationen einiges an Sprengstoff enthalten sein.

Los geht es:
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Forscherteam und Universitäten:

Istv ́an Csabai1*, Kriszti ́an Papp1, D ́avid Visontai1, J ́ozsef Steger1, andNorbert Solymosi1,21Department of Physics of Complex Systems, ELTE E ̈otv ̈os Lor ́and University, Budapest, Hungary2Centre for Bioinformatics, University of Veterinary Medicine, Budapest, Hungary csabai@elte.hu

Die Arbeit basiert auf Daten aus Internationalen Datenarchiven wie z.B. den International Public Sequence Archives z.B. ENA oder SRA. (oder z.b. https://datascience.nih.gov/data-ecosystem/sra)

Wie von der International Nucleotide Sequence Database Collaboration berichtet, überschritt das Datenvolumen 2020 bereits 9 Petabyte und wuchs ungefähr um das 10fache in den letzten 4 Jahren. Die hochgeladenen Proben enthalten oft nicht nur Sequenzen von der Spezies, die die Wissenschaftler ursprünglich untersuchen wollten, sondern sie enthalten auch genetisches Material aus der Umgebung oder von anderen Arten. Dies kann sowohl das Resultat von Kontamination während des "Wet-Lab-Processings" sein oder ein echtes biologisches Signal. Der wirkliche Ursprung ist oft schwer zu identifizieren.

Unsere Hypothese war, dass diese riesigen "Goldminen" der Sequenzen-Archive vielleicht auch Genomfragmente von frühen, menschlichen SARS-CoV-2-Fällen enthalten oder von dem hypothetischen, zoonotischen Ursprungs-Wirt. Wir durchsuchten die Metadatenprofile von Proben, die vor den ersten bekannten Fällen der Pandemie gesammelt wurden, auf Spuren von SARS-CoV-2 Sequenzen.
Wir fanden eine Reihe von Proben und tragen hier die Analyse von einem dieser Daten-Sets vor:

Material und Methoden:

Das analysierte Sequencing Project kann unter der Projekt ID PRJNA692319 gefunden werden. Es enthält 12 Proben. Alle wurden während eines dreiwöchigen Zeitraums aus dem Erdboden der King George Islands in der Antarktis entnommen (nach dem 24.12.2018), während der Sommerzeit der südlichen Hemisphäre. Nach den Metadaten des European Nucleotide Archive wurden die sequenzierten Daten von der University of Science und Technology of China am 15.01.2021 übermittelt. Es gibt keinerlei Informationen über den Zeitpunkt der "Wet-Lab-Prozesse" und des Sequenzierens, die während des Zeitraums zwischen dem Sammeln der Daten (Proben Jan.2019) und dem Upload (Jan.2021) stattgefunden haben müssen. Die Metadaten enthalten einige Informationen über den Sequenzierungsprozess.......

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Zusatzinfo von mir:

Im Jahre 2015 protestierten italienische Medien heftig gegen die Zustände in chineischen Laboratorien. Ganz speziell offenbar gegen die Zustände in Wuhan. Dies führte zu einer breiten, internationalen, wissenschaftlichen Diskussion und Auseinandersetzung in deren Folge der dort etablierte Forschungszweig in den USA durch Obama verboten wurde. Die Forschungsarbeiten der Amerikaner wurden dann - wie wir heute alle wissen - in den Wuhan-Laboren weiterverfolgt und teilweise von den USA gezahlt. Der Wissenschaftleraustausch zwischen den USA und China war fließend. Ansonsten war das Labor in Wuhan eng verknüpft mit dem chinesischen militärischen Komplex.

Das Thema der "Verunreinigung" der Proben innerhalb des Labors könnte also einiges an Sprengkaft beinhalten. Besonders interessant in diesem Zusammenhang auch die vielen anderen Funde ("The sequence harbours a unique combination of mutations, unseen in other samples, so whatever its origin, it can add important piece of information..."). Nennen wir sie doch einfach die "Mutationsvielfalt"....

Ansonsten: Ikonoklast hat den Link zur Untersuchung eingestellt (danke dafür). Da findet man alles andere.

PS: Die Übersetzung stammt von mir. Dachte mir, dass die etwas verständlicher ist als Google.

Ist doch göttlich, welche Zufallsfunde zustande, nur weil ein paar Wissenschaftler neugierig waren... :-) Bibelkundige würden wohl sagen: Der Mensch denkt und Gott lenkt..... :-)

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