Es ist doch egal, in welche Richtung sich die Atmosphäre (oder Wolken)
bewegt
(Süd, West, Nord, Ost). Was hat das mit einer bestimmten Erdrotation (nur
in eine Richtung 900 km/h) zu tun?

Das ist selbstverständlich für ein Flugzeug nicht egal, denn das bewegt sich IN DER ATMOSPHÄRE fort! Es kommt vorwärts, in dem die Triebwerke Impuls auf die Luft übertragen.

Bist du schon mit einem Cabrio auf der Autobahn gefahren (100 km/h).
Und, dreht sich die Atmosphäre mit? Du kriegst sofort den Gegenwind.
Wieso sollte es "oben" anders sein?

Du wirfst alles Mögliche durcheinander und definierst Deine Begriffe nicht sauber. Natürlich dreht sich die Atmosphäre mit der Erde mit und nicht mit Deinem Cabrio. Der "Fahrtwind", also der Luftstrom, der aus der Relativbewegung eines Fahrzeuges zur Atmosphäre resultiert, bleibt davon unberührt. Den spüren auch die beiden Flugzeuge, und zwar in gleicher Weise, egal ob sie westwärts oder ostwärts unterwegs sind.

Abgesehen davon, wie sollte diese "Drehung" der Atmosphere in einem
Vaakuum überhaupt möglich sein??

Wieso sollte sie nicht? Das Vakuum tut nichts, um die Atmosphäre vom Mitdrehen abzuhalten. Wie sollte es auch, es ist ja leer. Die Erdoberfläche reibt dagegen an der Atmosphäre und überträgt so Impuls auf sie. Da die Erde ein sehr viel größeres Trägheitsmoment aufweist als die Atmosphäre, dreht letztere sich effektiv einfach nur mit.

Fragen über Fragen. Denk darüber nach.

Hab ich bereits jahrelang drüber nachgedacht, und es passt alles erstaunlich gut zusammen, wenn man sich mal die Mühe macht, ein bisschen Physik zu lernen.

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"Nur die Lüge benötigt die Stütze der Staatsgewalt. Die Wahrheit steht von alleine aufrecht."
Thomas Jefferson