.. wenn sie es (sicherer) mit einer Rakete (high altitude) machen könnten?

Wenn sie es denn überhaupt können!
Muss in der richtigen Höhe gezündet werden.

Finde das abgeschossene Flugzeug!

...etwa dass sie gar keine bestückbaren Raketen haben, die Amis (oder wer auch immer) den Daumen drauf haben oder der Gegner damit rechnen könnte und entsprechend reagieren oder die abschießen. Ein Flugzeug kann man jedenfalls besser tarnen und Höhenflug sowie Täuschkörper könnten eine Abwehr theoretisch schwieriger machen. Letztendlich müsste das ein Militärexperte bewerten, die Israelis machen ja logischerweise ein großes Geheimnis um ihre angeblichen Atomwaffen (ich halte auch einen Bluff nicht für unmöglich).

Ein EMP per Flugzeug ist zudem:

1) knapp unterhalb vom totalen A-Krieg (eine Atomrakete dürfte aggressiver bewertet werden)

2) könnte er einen größeren Schlag vorbereiten, indem er die Abwehr ausschaltet